Η Μονή Πετράκη ήταν μετόχι της Μονής του Αγ. Ιωάννη του Προδρόμου Καρέα Υμηττού, γνωστό ως «Ασωμάτων Ταξιαρχών του Κουκουπούλη» και ανακαινίστηκε το 1673 από τον ιερομόναχο, λόγιο και Ιατρό Παρθένιο Πετράκη (ο κατά κόσμον Πέτρος Παπασταμάτης).
Ο Πέτρος Παπασταμάτης, γιος του ιερέα Σταμάτη και της Θεοδώρας, γεννήθηκε στη Δημητσάνα, στις αρχές του 17ου αιώνα και η οικογένειά του ήταν μία εκ των επιφανών και εύπορων της πόλης. Φοίτησε στην ιστορική και φημισμένη σχολή της Μονής Φιλοσόφου (ιδρυθείσα το 963 μ.χ από τον Ιωάννη Λαμπαρδόπουλο από τη Δημητσάνα, τον επονομαζόμενο «φιλόσοφο») και στη συνέχεια σπούδασε ιατρική και φιλοσοφία στην Ιταλία.
Επιστρέφοντας στην Αθήνα, άρχισε ν’ ασκεί με ιδιαίτερο ζήλο το λειτούργημά του, προσφέροντας δωρεάν τις υπηρεσίες του, ειδικά στους οικονομικά αδύναμους. Λόγω δε των πολλών γνώσεών του, είχε χαρακτηριστεί ως «ιατροφιλόσοφος». Οι Αθηναίοι τον αγαπούσαν και τον θεωρούσαν δικό τους άνθρωπο. Γι’ αυτούς ήταν ο «Πετράκης» τους, εξού και η μετέπειτα επωνυμία της μονής.
Μετά από λίγα χρόνια, ακολούθησε τον μοναχικό βίο και εγκαταβίωσε στη Μονή του Καρέα, όπου χειροτονήθηκε ιερομόναχος και έγινε ηγούμενος, επιλέγοντας το όνομα Παρθένιος. Αν και ιερομόναχος δεν εγκατέλειψε ποτέ την άσκηση της ιατρικής. Λόγω όμως του ότι η Μονή βρισκόταν μακριά από την πόλη –που τότε ήταν γύρω από την Ακρόπολη– και οι μετακινήσεις, τόσο για εκείνον όσο και για τους ασθενείς, ήταν δύσκολες αλλά και επικίνδυνες, τού παραχωρήθηκε το ήδη αναφερθέν μετόχι της Μονής. Λέγεται ότι ο ναός είχε κτιστεί πάνω σε ερείπια παλαιοχριστιανικού ναού, που ίσως και αυτός να είχε διαδεχθεί άλλον αρχαιότερο. Με δικά του έξοδα, επισκεύασε τον ως τότε «σεσαθρωμένον και πανέρημον» παλαιό ναό, έκτισε λίγα κελιά στη βόρεια και νότια πτέρυγα με σκοπό να εγκατασταθεί εκεί μία μικρή αδελφότητα, ενώ παράλληλα αγόρασε κτήματα, ώστε με την καλλιέργειά τους να συντηρούνται και η Μονή Καρέα αλλά και η καινούργια.
Ο Παρθένιος πέθανε το 1686 και μέχρι το 1840 οι ηγούμενοι της Μονής προέρχονταν από την οικογένεια Πετράκη, οι οποίοι ασκούσαν παράλληλα την ιατρική, ακολουθώντας την πάγια τακτική της δωρεάν θεραπείας των αρρώστων. Η παράδοση διακόπηκε από τον γιατρό Ανάργυρο Πετράκη (1793-1876), ο οποίος δεν θέλησε ν’ ακολουθήσει τον μοναστικό βίο, και εκτός από την ιατρική ασχολήθηκε με την πολιτική, διατελώντας, επί Όθωνα, δήμαρχος της Αθήνας –πρώτος αιρετός δήμαρχος Αθηναίων– και μετέπειτα υπουργός του Γεωργίου Α’.
Η Μονή Πετράκη υπήρξε αρωγός και κοινωνικός ευεργέτης της πόλης των Αθηνών. Μετά την απελευθέρωση, παραχώρησε στο ελληνικό δημόσιο μεγάλες εκτάσεις από την κτηματική της περιουσία για την ανέγερση κοινωφελών ιδρυμάτων, προσφέροντας έτσι ανυπολόγιστη βοήθεια σε μία περίοδο οικονομικής δυσχέρειας. Σε κτήματα που βρίσκονταν οι ελαιώνες της Μονής κτίστηκαν τα περισσότερα θεραπευτήρια της πόλης, όπως το Αιγινήτειο, το Αλεξάνδρα, ο Ευαγγελισμός, το Ν.Ι.Μ.Τ.Σ, το Αρεταίειο, το Νοσοκομείο Παίδων, το Νοσοκομείο Συγγρού, το Λαϊκό, «Η Σωτηρία».
Επίσης, σε οικόπεδά της ανεγέρθηκαν κτίρια όπως: τα Στρατιωτικά Παραπήγματα, η Εθνική Πινακοθήκη, το ξενοδοχείο Χίλτον, η Ριζάρειος Εκκλησιαστική Σχολή, η Ακαδημία Αθηνών, το «Σχολείο των Τεχνών» (πρόδρομος του Πολυτεχνείου και της Σχολής Καλών Τεχνών) στην οδό Πειραιώς, η Μαράσλειος Παιδαγωγική Ακαδημία, η Αγγλική Αρχαιολογική Σχολή, η Γεννάδειος Βιβλιοθήκη, το Εκκλησιαστικό Ορφανοτροφείο Βουλιαγμένης, το Ασκληπιείο Βούλας κ.ά.
Σήμερα, η Μονή Πετράκη (γιορτάζει στις 8 Νοεμβρίου και 7 Φεβρουαρίου) αριθμεί 100 αδελφούς-μοναχούς, εκ των οποίων οι 15 εγκαταβιούν σ’ αυτή. Όλοι τους, ασχολούνται με ιεραποστολικό έργο στην Ελλάδα ή το εξωτερικό συνεχίζοντας την προσφορά του κτήτορα της Μονής, του Παρθένιου Πετράκη.
